Пісаў на [[польская мова|польскай]] і [[лацінская мова|лацінскай]] мовах. Вызнаваў [[кальвінізм]]. Быў звязаны з дваром біржанскай (кальвінісцкай) лініі [[Радзівілы|Радзівілаў]]. Першы вяд8омывядомы твор Я. Казаковіча — лацінамоўны верш-прысвячэнне [[Андрэй Рымша|А. Рымшу]] ў кнізе апошняга «Дзесяцігадовая аповесць пра ваенныя справы… Крыштофа Радзівіла» ([[Вільня]], 1585). У кнізе [[Ян Радван|Я. Радвана]] «Радзівіліяда» (Вільня, 1588) змешчаны 3 вершаваныя прысвячэнні Я. Казаковіча маладым Радзівілам: Юрыю, Янушу і Крыштофу (подпіс пад апошнім — ''Jan Kozak Litwin''). Мяркуецца, што верш «Слава на шчаслівую перамогу Мікалая Радзівіла пад Кессю ў 1578 годзе», змешчаны ў гэтай кнізе, таксама належыць Я. Казаковічу. На працягу 1590-х Я. Казаковіч апублікаваў каля 15 вершаў у 7 кнігах розных аўтараў. У перакладзе [[Станіслаў Кашуцкі|С. Кашуцкага]] кнігі [[Цыцэрон]]а «Пра абавязкі людзей усіх станаў» (Вільня, 1593) змешчаны 2 творы Я. Казаковіча: лацінамоўнае прысвячэнне [[Мікалай Нарушэвіч|Мікалаю Нарушэвічу]] і польскамоўны верш «На гэтыя кнігі». Матыў асуджэння шляхты за тое, што вышэй за рыцарскую годнасць і хрысціянскія цноты яна ставіць багацце, гучыць у вершах Я. Казаковіча з «Новага запавета» (Вільня, 1593). Услаўленне «праўдзівай» веры ў кальвінісцкім разуменні і антыкаталіцкія захады прысутнічаюць у вершах Я. Казаковіча, змешчаных у пратэстанцкіх выданнях рэлігійна-асветніцкай і рэлігійна-палемічнай накіраванасці. У перавыдадзенай у Вільні ў 1594 годзе кнізе [[Мікалай Рэй|Мікалая Рэя]] «Польская пасціла» надрукаваны 2 вершы Я. Казаковіча. Выразную рэлігійна-палемічную накіраванасць мае верш Я. Казаковіча «Да ласкавага чытача», змешчаны разам з эпіграмай на герб [[Януш Радзівіл|Януша Радзівіла]] ў творы [[Шыман Тэафіл|Шымана Тэафіла (Турноўскага)]] «Люстра хрысціянскага набажэнства ў Польшчы» (Вільня, 1594). Я. Казаковіч абараняў ад [[арыяне|арыян]] боскасць Хрыста ў кнізе [[Гжэгаж з Жарнаўца|Гжэгажа з Жарнаўца]] «Кліпеус, альбо Духоўны шчыт» (Вільня, 1598), заклікаў да [[Кальвінізм|кальвінізму]] ў перавыданні кнігі «Літоўская пасціла» (Вільня, 1600). Найбольшую вядомасць прынёс яму выдадзены [[Ян Карцан|Я. Карцанам]] пераклад на польскую мову кнігі [[Іосіф Флавій|Іосіфа Флавія]] «ІудзейскаяІўдзейская вайна» (Вільня, 1595), з якога потым невядомым аўтарам быў зроблены пераклад на старабеларускую мову (не апублікаваны). Свой твор Я. Казаковіч прысвяціў [[Крыштоф Зяновіч|Крыштофу Зяновічу]], пры гэтым пазначыў сваё месцазнаходжанне ([[Мосар]]). Пасля Я. Казаковіч выдаў кнігі «Дух Данілы» («Manes Danielani», Вільня, 1603; зборнік вершаў на смерць кальвінісцкага святара Данілы Стафана Тэаліпта і яго блізкіх) і «Валоскі арэх» («Orzech wioski», Вільня, 1603; вольны пераклад [[Авідзій|Авідзія]]). Хоць у паэтычнай творчасці поспехі Я. Казаковіча былі даволі сціплымі, ён быў адным з самых пладавітых віленскіх паэтаў канца XVI — пачатак XVII стст.
