Bowtie (аналіз паслядоўнасцей)

Bowtie — праграма для выроўнівання паслядоўнасцей, якая шырока выкарыстоўваецца ў біяінфарматыцы. Праграма напісана калектывам аўтараў на чале з Бэнам Лангмэдам (Ben Langmead) у 2009 годзе ^[1] і апублікавана на SourceForge ад імя Універсітэта Мэрылэнда. Bowtie у асноўным выкарыстоўваецца для выроўнівання кароткіх прачытанняў на вялікіх рэферэнсных геномах. Аўтар характарызуе сваю праграму як «надзвычайна хуткую, з эфектыўным выкарыстоўваннем памяці, праграму для выроўнівання кароткіх паслядоўнасцей ДНК»^[2]. 16 кастрычніка 2011 года распрацоўшчыкі выпусцілі даччыны праект Bowtie 2^[3], які станам на 16 студзеня 2024 года меў версію 2.5.3.

Зноскі

↑ Langmead, Ben; Cole Trapnell; Mihai Pop; Steven L Salzberg (4 March 2009). "Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome" (PDF). Genome Biology. 10 (3): 10:R25. doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25. PMC 2690996. PMID 19261174. Архівавана з арыгінала (PDF) 20 кастрычніка 2012. Праверана 29 November 2013.
↑ Bowtie: An ultrafast, memory-efficient short read aligner - SourceForge (нявызн.). Праверана 29 November 2013.
↑ Bowtie 2: Fast and sensitive read alignment

Спасылкі правіць

Bowtie: An ultrafast, memory-efficient short read aligner — SourceForge

[1] Langmead, Ben; Cole Trapnell; Mihai Pop; Steven L Salzberg (4 March 2009). "Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome" (PDF). Genome Biology. 10 (3): 10:R25. doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25. PMC 2690996. PMID 19261174. Архівавана з арыгінала (PDF) 20 кастрычніка 2012. Праверана 29 November 2013.

[2] Bowtie: An ultrafast, memory-efficient short read aligner - SourceForge (нявызн.). Праверана 29 November 2013.

[3] Bowtie 2: Fast and sensitive read alignment

[1]

[2]

[3]