Балкенэндэ вывучаў юрыспрудэнцыю і гісторыю ў Свабодным універсітэце Амстэрдама. У 1992 годзе абараніў доктарскую дысертацыю. З 1982 па 1984 год быў юрыстам у Савеце галандскіх універсітэтаў. Затым да 1998 года працаваў у навуковым інстытуце палітычнай партыі Хрысціянска-дэмакратычны заклік (ХДЗ), якую пасля (1 кастрычніка 2001 года) узначаліў. У 2002 годзе ён як лідар ХДП, партыі, якая атрымала перамогу на выбарах, упершыню стаў прэм’ер-міністрам. На выбарах 2006 года ХДП зноў атрымала найбольшую колькасць галасоў. І праз 3 месяцы — у лютым 2007 года — Балкенэндэ зноў узначаліў кабінет, які склаўся з прадстаўнікоў трох партый: ХДП, Партыі працы і Хрысціянскага саюза. 9 лютага 2007 каралева Беатрыкс даручыла Балкенэндэ сфарміраваць новы ўрад Нідэрландаў.