Патаген (грэч. παθογένεια; ад πάθος «пакута» + γενετική «спараджае») — любы мікраарганізм (уключаючы грыбы, вірусы, бактэрыі, і інш.), а таксама асаблівы бялок — прыён, здольны выклікаць паталагічны стан (хваробу) іншай жывой істоты. У больш агульным выпадку пад патагенам разумеюць любы фактар знешняга асяроддзя, здольны выклікаць пашкоджанне якіх-небудзь сістэм арганізма або развіццё якіх-небудзь захворванняў. Патагеннымі мікраарганізмамі называюцца мікраарганізмы, якія паразітуюць (асабліва бактэрыі ў жывёл, грыбы ў раслін) у адносінах да іх гаспадара.

Атрыманы электронным мікраскопам малюнак патагена ВРВІ

Негатыўнае ўздзеянне патагенаў на арганізм можа ажыццяўляцца рознымі механізмамі, якія выклікаюць інтаксікацыю, разбурэнне тканін, парушэнне рэгуляторных механізмаў або іншымі шляхамі. Негатыўнае ўздзеянне інфекцыйных патагенных мікраарганізмаў звычайна звязана з іх размнажэннем у арганізме і ўздзеяннем прадуктаў іх жыццядзейнасці на гаспадара. Інфекцыйныя патагены, як правіла, валодаюць здольнасцю міграваць паміж рознымі гаспадарамі (перамяшчаючыся рознымі шляхамі перадачы), выклікаючы інфекцыйнае захворванне ў папуляцыі гаспадароў.

Для большасці інфекцыйных захворванняў патаген з’яўляецца спецыфічным узбуджальнікам — гэта значыць дадзенае захворванне можа выклікаць выключна гэты патаген, наяўнасць дадзенага патагена ў арганізме азначае наяўнасць гэтага захворвання, а пры адсутнасці патагена ў арганізме дадзенае захворванне паўстаць не можа.

Гістарычны тэрмін кантагій (лац.: contagium «зараза») таксама абагульнена абазначаў заразную субстанцыю хваробы, але ў сучаснай медыцыне ўжо не выкарыстоўваецца.